Pořadatelem Ekologické olympiády je Český svaz ochránců přírody (ČSOP), spoluvyhlašovatelem je každoročně Ministerstvo školství mládeže a tělovýchovy.
Na Ekologické olympiádě soutěží tříčlenné týmy středoškoláků, které reprezentují vysílající subjekt (převážně střední školu). Na všech úrovních se soutěž skládá z části prověřující znalosti (testy, poznávání přírodnin, …) a z části prověřující dovednosti. Součástí prověřování dovedností je vždy jeden či více praktických úkolů využitelných pro ochranu přírody a životního prostředí. Alespoň část úkolů probíhá (od krajské úrovně) vždy v terénu. Soutěž je často doplněna o další doprovodné části a programy. Soutěžní testy i splnění a prezentaci zadaných úkolů hodnotí vždy vícečlenná odborná porota. Soutěž je respektovaná řadou vysokých škol.
Vítězové (někde i pouzí účastníci) krajských kol jsou přijímáni na související obory bez přijímacích zkoušek, nebo se jim za účast do přijímacího řízení započítává bodové ohodnocení (např. Univerzita Karlova, Česká zemědělská univerzita, Mendelova univerzita v Brně, Univerzita Hradec Králové ad.)
Celostátním koordinátorem a pořadatelem národního kola Sdružení mladých ochránců přírody ČSOP. Krajská kola zajišťují převážně základní organizace ČSOP, se kterými spolupracuje řada dalších subjektů (ekocentra, odbory ŽP, ZOO, muzea apod.), další krajská kola pořádají spřízněné organizace a instituce mimo ČSOP. Na řadě středních škol probíhají též školní kola.
